በ14ኛው ክ/ዘመን የአሁኑ ፈለገ ገነት ቅዱስ ጊዮርጊስ ቤተክርስቲያን ከሚገኝበት ቦታ ላይ የኪዳነምህረት ቤተክርስቲያን ስትመሠረት ባህርዳርም በመንደርነት ተቆረቆረች። በ1928 ዓ.ም ካህናት፣ ባላባት ወዘተ የተባሉ መንደሮች ነበሯት።

በ1929 ዓ.ም ለባሕርዳር ከተማ የመጀመሪያው ይፋዊ የከተማ ፕላን ወጣላት። ይህም ከተማዋን ወደ ዘመናዊ የከተማ አስተዳደርና የስነ-ህንጻ መዋቅር ያሸጋገራት ታሪካዊ እርምጃ ነበር።

በ1935 ዓ.ም ባሕርዳር ይፋዊ የወረዳ ከተማ ሆና ተሰየመች። ይህም የአካባቢው አስተዳደራዊ፣ የህግና ማህበራዊ አገልግሎቶች ዋነኛ ማዕከል እንድትሆን አደረጋት።

በ1937 ዓ.ም ከተማዋ ፈጣን እድገት በማስመዝገብ ወደ ማዘጋጃ ቤት አደገች። የህዝብ አገልግሎቶች፣ የከተማ ጽዳትና የመሰረተ ልማት አመራር በይፋ ተደራጀ።

በ1948 ዓ.ም ባሕርዳር የአውራጃ ማዕከል በመሆን "የባህርዳር አውራጃ" ተባለች። ይህም ሰፊውን የጣናና የዓባይ ተፋሰስ ግዛቶች በአንድነት ያስተባበረ ታላቅ አስተዳደራዊ ደረጃ ነበር።

በ1985 ዓ.ም ባሕርዳር የአማራ ብሔራዊ ክልላዊ መንግሥት ዋና ከተማ ሆነች። በ2002 የዩኔስኮ የሰላም ከተማ እና በ2015 የዩኔስኮ የመማር ከተማ ተብላ የተሸለመችው ባሕርዳር ዛሬ የኢትዮጵያ አንፀባራቂ የቱሪዝም መናገሻ ናት።